# rosetta_notebook

**Repository Path**: regentsai/rosetta_notebook

## Basic Information

- **Project Name**: rosetta_notebook
- **Description**: rosetta官方教程的翻译
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: main
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 11
- **Forks**: 4
- **Created**: 2024-11-10
- **Last Updated**: 2025-12-29

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# rosetta 蛋白设计套件教程翻译

![rosetta 标签](rosetta_Rdancing.gif)

对rosetta源代码中的教程/示例进行翻译和演示,主要以ipynb笔记的形式展示,不涉及程序调用的教程以markdown为主.

在manjaro linux上本地运行rosetta,mac/超算等平台的问题无法回答.

为方便在其他平台粘贴教程网址,路径名以英文为主.

由于源代码教程中数据文件较大,不复制到本仓库中.自行[克隆示例仓库](00intro/01_compile_and_install.md).

## 本仓库协议

CC BY-NC-SA 4.0.

## rosetta源代码协议

- [rosetta非商业协议](https://github.com/RosettaCommons/rosetta/blob/main/LICENSE.md)
- [pyrosetta非商业协议](https://github.com/RosettaCommons/rosetta/blob/main/LICENSE.PyRosetta.md)

使用rosetta源代码及软件前请务必阅读其协议.

## 仓库结构

- 00intro/:rosetta基本概念
- 01protocols/:rosetta主要流程(protocol)
- 02demos/:rosetta官方示例翻译.以具体问题为情景,演示rosetta的流程
- 03pyrosetta/:pyrosetta的笔记本翻译
- note_utils/:个人常用的代码片段

## 使用本仓库

```bash
git clone https://gitee.com/regentsai/rosetta_notebook.git ~/git_develop/rosetta_notebook # 克隆位置自行确定
cd ~/git_develop/resetta_notebook
conda create -n rosetta python=3.11 # 如有需要自行创建单独的环境,rosetta本体支持3.6+
conda activate rosetta
conda install ipykernel pymol-open-source
pip install ipywidgets setuptools==57.5.0
pip install git+https://gitee.com/regentsai/ipymol.git

git pull # --force ,后续更新,不熟悉git操作的使用--force选项
```

## 目录

- [00 如何阅读教程](00intro/00_how_to_read_tutorials.md)
- [01 rosetta(编译)安装](00intro/01_compile_and_install.md)
- [02 使用rosetta](00intro/02_working_with_rosetta.md)
- [03 控制rosetta的输入和输出](00intro/03_IO.ipynb)
- [04 rosetta核心概念](00intro/04_core_concepts.md)
- [05 非蛋白残基](00intro/05_prepare_ligands.ipynb)
- [06 对结构的能量进行打分](00intro/06_scoring_structure_energy.ipynb)
- [07 全原子与质心表示的比较](00intro/07_full_atom_vs_centroid_representations.ipynb)
- [08 优化侧链](00intro/08_optimizing_sidechains.md)
- [09 能量最小化](00intro/09_minimization.ipynb)
- [10 驰豫](00intro/10_relax_structures.ipynb)
- [11 约束:对结构的偏置](00intro/11_structure_constraints.md)
- [12 分析输出](00intro/12_output_analysis.md)
- [13 折叠树](00intro/13_fold_tree.md)
- [14 蛋白的对称性](00intro/14_symmetric_protein.md)
- [15 RosettaScripts](00intro/15_RosettaScripts.md)
- [16 RosettaScripts 进阶](00intro/16_RosettaScripts_advance.md)
- [17 常用选项](00intro/17_commonly_used_options.md)
- [18 小技巧](00intro/18_tips.md)